Los microorganismos presentes en los alimentos pueden ser útiles o perjudiciales.
La aplicación de bacterias tecnológicamente útiles se conoce en el procesamiento de diversos alimentos como productos lácteos, sino también en la industria de bebidas.
Pero también son microorganismos indicadores de contaminación y falta de higiene durante el procesamiento de alimentos.
La cuantificación y detección de microorganismos se logra utilizando métodos de cultivo.
Para la determinación de organismos patógenos PCR en tiempo real a menudo ofrece un método alternativo rápido.
Identificación y confirmación utiliza métodos microscópicos, bioquímicas y serológicas.